В 1853 году в апреле сильные «скопища» горцев появились на Маркотхе и готовились атаковать укрепление, но отряд, вышедший из Новороссийска, обратил их бегство. 

В начале ноября войскам и жителям города на Церковной площади (ныне парк имени Ленина) зачитали манифест императора Николая I о войне с Турцией, которую позже назвали Крымской войной.

В 1854 году император Николай I объявил о разрыве дипломатических отношений с Англией и Францией. Противостояние с Турцией перешло в борьбу России против коалиции Англии, Франции. Начальник морского штаба князь Александр Меншиков приказал отправить в Севастополь все суда Черноморской береговой линии.  Новороссийск, как и другие укрепления береговой линии, оставался без защиты от кораблей противника, поскольку не имел артиллерии, достаточной для обороны. Снабжение воинских гарнизонов ухудшилось, ведь продовольствие и фураж обычно доставляли по морю.

В феврале император дал инструкцию адмиралу Серебрякову обратить главное внимание на сохранение Анапы и  по возможности Новороссийска. Если нельзя будет отстоять Геленджик и Кабардинку, предписывалось перевести оттуда в Новороссийск гарнизоны, тогда будет усилена защита последнего. Если же невозможно будет отстоять Новороссийск, повелевалось все в нем сжечь и уничтожить и отступить через форт Раевский к Анапе. Позднее император пожелал, чтобы Новороссийск был удержан «до крайней возможности».

В марте гарнизоны Черноморской береговой линии были сняты кораблями Серебрякова и доставлены в Новороссийск.

В декабре союзники объявили о строгой блокаде черноморских и азовских портов России.

В январе 1855 года в Цемесскую бухту вошли французский корвет «Бертолет» и английский фрегат «Леопард». Оттуда через парламентеров  было передано новороссийскому начальству оповещение о блокаде, которую они планировали начать с 18 января по старому стилю.  Сильная неприятельская эскадра вошла в Цемесскую бухту 28 февраля. Это был колесный двухмачтовый французский теплоход и 4 английских корабля. Противник был вооружен большим количеством пушек.

Началась бомбардировка Новороссийска с довольно большого расстояния. Обороной города командовал начальник 1 отделения Черноморской береговой линии Александр Дебу – в это время Серебряков был вызван в ставку. Из города вывели жителей и больных. Было оставлено Константиновское укрепление ( на месте нынешнего Центрального района порта). Во время обстрела повредили много зданий. С новороссийской батареи было сделано несколько выстрелов в сторону противника, но снаряды до кораблей не долетали. К счастью, человеческих потерь в этот день не было.

Горцы пытались вступить в бой с гарнизоном укрепления Константиновское, но были отбиты подошедшим на помощь анапским полуэскадроном.

1 марта в 9 часов вражеские корабли подошли к приморской батарее и возобновили обстрел из 67 корабельных орудий. С такого расстояния береговая артиллерия Новороссийска сумела дать бой эскадре противника, значительно повредив корабли. Союзники вынуждены были уйти.

Значительных повреждений в Новороссийске не было. Однако в мае гарнизон и жители Новороссийска вынуждены отойти к Анапе. Потом была оставлена и Анапа. Позднее, в конце августа, русские войска отступили из Севастополя.

В 1856 году бывшее комендантское управление Новороссийское было упразднено. 

18 марта заключен Парижский мирный договор. Черноморское побережье Кавказа осталось за Россией. Но на развалинах Анапы и в Новороссийска были войска черкесского князя Сефер-бея. Сефер-бея выбил из Новороссийска генерал Григорий Филипсон с казаками.

В 1857 году жителям Новороссийска предложили подавать в ратушу документы о потерях ими движимого и недвижимого имущества. Убытки частично возместила казна.

На берегу новороссийской бухты учреждена Константиновская морская станция. Находилась она в здании адмиралтейства. При ней организовали стоянку судов, которые охраняли бухту и береговую линию.

По материалам книги Александра Герасименко и Сергея Санеева «Новороссийскъ — от укрепления к губернскому городу».