В 1858 году, через два года после поражения России в Крымской войне,  русские войска под командованием генерал-лейтенанта Григория Филипсона высадились десантом в Цемесскую бухту. Солдаты десанта были перевезены из Анапы на нескольких военных судах. И точно так же, как 20 лет назад началось строительство нового укрепления — Константиновского. Только происходило все это на развалинах Новороссийска, разрушенного во время Крымской войны.

Константиновское укрепление заложено на руинах новороссийского форта № 2 (это район Ленинского парка).  

Не единожды горцы нападали на укрепление на берегу Цемесской бухты. Это было 26 апреля и 1 мая. Оба раза нападения были отбиты. Из Константиновского укрепления также направлялись десанты и походы в Геленджикское и Кабардинское укрепления, где обнаруживались турецкие суда и горские отряды.

В 1859 году начались рейсу пароходов между Одессой и крымскими, кавказскими портами, портом Трапезунд с заходом в Константиновское укрепление.

В 1860 году натухайцы начали изъявлять безусловную покорность и присягать на верноподданство престолу. Образован Натухайский округ с центром в Константиновском. Начальником округа назначен генерал-майор Павел Бабыч.

В этом же году упразднены города Новороссийск и Анапа. Средства, сэкономленные казной на содержание полицейского чиновника, канцелярские расходы по полицейскому управлению, предоставлены в распоряжение Кавказскому наместнику. Новороссийским же чиновникам предлагались мест в Темрюке.

По приказу императора выделено 308 510 рублей жителям Анапы, Новороссийска и Сухум-кале, потерявшим свое имущество при оставлении городов во время войны с турками.

В 1861 году укрепление Константиновское  показалось исследователю и публицисту Илье Воронову «маленьким», «чистеньким», «новеньким». Возле него стали селиться – появились избушки со стогами хлеба и сена. Широкая дорога спускалась к казарменной постройке адмиралтейства и двум купальням. «Вот и все, что видится на месте Новороссийска, который еще так недавно был центром всей жизни на Черноморской береговой линии», писал Воронов.

В сентябре император Александр II посетил укрепление.

В 1862 году учреждены станицы Раевская, Натухайская и Новороссийская.  В станицу Новороссийскую, которая расположилась рядом с Константиновским укреплением, переселили 1 офицерскую и 100 казачьих семей из Азовского казачьего войска. К концу года в станице Новороссийской проживало 275 мужчин и 236 женщин.

В укреплении Константиновском открыт полугоспиталь ( с половинным штатным составом персонала).

По материалам книги Александра Герасименко и Сергея Санеева «Новороссийскъ — от укрепления к губернскому городу».