Прокуратура создана в целях усиления надзора в области охраны экологической системы Азовского и Черного морей, защиты конституционных прав граждан на благоприятную окружающую среду. Является самостоятельным органом прокуратуры Краснодарского края с местом дислокации в городе Новороссийске. Полномочия распространяются на города Новороссийск, Геленджик, Анапа, Темрюкский, Славянский районы.

С момента образования природоохранной прокуратуры в должности прокурора состояли Дегтярев Т.П., Голубенко В.В., Черный М.В.

С июля 2019 года прокуратуру возглавляет старший советник юстиции Сушков Олег Владимирович. В сентябре 2003 года поступил на службу в органы прокуратуры Краснодарского края и прошел значительный трудовой путь, работая на различных направлениях прокурорского надзора. Неоднократно поощрялся правами Генерального прокурора РФ, прокурора Краснодарского края.

Заместитель прокурора Пемпусь Юлия Станиславовна работает в органах прокуратуры с 2009 года.  Поработав в различных регионах России, решила связать свою дальнейшую судьбу с органами прокуратуры Краснодарского края. В занимаемой должности с декабря 2020 года.

С момента создания природоохранной прокуратуры и по настоящее время работает главный специалист Исупова Н.Ю. Свой трудовой путь в органах прокуратуры она начала в 1992 году. За примерное исполнение служебных обязанностей поощрялась Генеральным прокурором РФ и прокурором Краснодарского края.

Сейчас достойно несут службу и исполняют свои обязанности старший помощник прокурора Левченко Д.Г., помощники прокурора Шаляпин П.Ю., Пыркова О.В.

Следует также отметить бывших сотрудников природоохранной прокуратуры, внесших значительный вклад в укрепление законности в сфере охраны природы. Это заместители прокурора Головачев Е.В., Мигачев И.В., Совмиз Р.К., Беляева Н.Л. (в настоящее время Сочинский межрайонный природоохранный прокурор), старшие помощники и помощники прокурора Жуков Д.Г. (в настоящее время прокурор Северского района), Бабич В.В. (в настоящее время начальник отдела прокуратуры Краснодарского края), Гунин А.И., Пономарев С.Ю., Фролов Н.Л., Бортникова  К.А. Шаповалов А.А., Могилкин А.А., Тищенко А.А., Горнушко Н.В., Агаев М.Н., Вербицкий М.С., Пачков К.Г.

В ходе осуществления надзорной деятельности сотрудниками прокуратуры на системной основе проводятся результативные проверки соблюдения водного, лесного законодательства, законодательств о недрах, сохранении водных биологических ресурсов, особо охраняемых природных территориях.

Во исполнение принятых мер прокурорского реагирования из незаконного владения истребованы и государству возвращено более 7 га земель лесного фонда, ведется строительство и реконструкция трех очистных сооружений в г. Новороссийске, устранены нарушения закона на особо охраняемых природных территориях. Пресечены факты незаконного недропользования, загрязнения морской акватории. По искам прокуратуры десятки незаконных объектов возведенных в границах лесного и водного фонда снесено. Координирующая роль прокуратуры значительно повлияла на уменьшение количества преступлений в сфере незаконной добычи водных биоресурсов и правонарушений в сфере охраны животного мира.

За истекший период 2022 года выявлено более 1тыс. нарушений закона в сфере охраны окружающей среды, по выявленным фактам принято более 300 мер прокурорского реагирования. И такая работа проводится ежегодно.

Работники прокуратуры активно принимают участие в спортивных, социально-общественных мероприятиях, проводимых на поднадзорной территории. В рамках благотворительной акции в 2018 году сотрудниками высажена аллея платанов в городе Новороссийске, а в 2021 году в честь 300-летия прокуратуры России хвойная аллея в поселке Кабардинка.

По инициативе прокуратуры отремонтирован памятник участнику Великой отечественной войны старшему лейтенанту Романенко М.И. погибшему в районе х. Семигорского в 1943г. На месте захоронения высажены деревья, проведено благоустройство подъездной дороги. Такие патриотические мероприятия прокуратура проводит ежегодно.

        Азово-Черноморская межрайонная природоохранная прокуратура 15 лет с честью оберегает природные богатства страны, защищает права граждан в сфере окружающей среды и природопользования.