Когда фронт приблизился к Новороссийску, оперативный состав военной прокуратуры Новороссийской военно-морской базы с оружием в руках участвовал в боях с врагом, оказывал большую помощь населению Новороссийска в борьбе с пожарами, высвобождал из завалов женщин и детей.  

Возглавлял военную прокуратуру Новороссийской военно-морской базы подполковник Костромин Сергей Александрович. Также в ее состав входили военный юрист 2 ранга Чуваев А. и помощник военного прокурора капитан юстиции Вахатов Николай Иванович.

Свой вклад в разгром врага в боях за Новороссийск внесли и военные следователи Шишкин, Кузнецов, Михайлов, Лубин, принимавшие участие в эвакуации населения, гражданских учреждений из города. Военные следователи Синякин, Шишкин и Кузнецов вместе с воинскими частями обороняли город до 15 сентября 1943 г., а затем прорывались к своим по воде, через бухту. Вместе с батальоном Куникова высаживался следователь политрук Шишкин. Военный юрист Михайлов продолжительное время находился на Малой Земле. На Михайлова были возложены особые обязанности, при выполнении которых он первые две ночи находился в Цемесской бухте под интенсивным огнем противника. Это отмечено в наградном листе, в котором он представлен к награждению орденом Красного Знамени. 

Следователь военной прокуратуры Новороссийской военно-морской базы Василий Синякин принимал участие в борьбе с посягательствами на боевую готовность частей флота, с агентурой врага, с паникерами и дезертирами. В десантной операции на Мысхако оказывал помощь командованию по обеспечению выполнения боевого задания.

Участие в боях на Малой Земле также принимала 255-я бригада морской пехоты. Из наградного листа на военного прокурора 255-й бригады морской пехоты капитана юстиции Кириченко Александра Павловича следует, что он вместе с 255-й бригадой высадился морским десантом в районе Станички. Проявил мужество и отвагу в борьбе с немецкими оккупантами. В ноябре 1943 г. Александр Павлович награжден орденом Красной Звезды.  

Из наградного листа на писаря военной прокуратуры 255-й бригады морской пехоты краснофлотца Маницкой Ольги Андроновны следует, что находясь на Малой Земле, под сильным огнем противника она подносила боезапасы и продовольствие на передовую линию частей бригады. 16 ноября 1943 г. Ольга Андроновна награждена медалью «За боевые заслуги».

Сегодня в сфере ответственности военной прокуратуры Новороссийского гарнизона находится более 60 воинских частей, организаций и учреждений, в которые входят все виды войск Вооружённых сил России: сухопутные войска, военно-морской флот и военно-воздушные силы, воздушно-десантные войска. Среди них подразделения гвардейского соединения воздушно-десантных войск, корабельные силы Черноморского флота, дислоцированные на Новороссийской военно-морской базе и многие другие. Практически ежедневно прокурорские работники выезжают в учреждения и воинские части для проведения надзорных мероприятий и мероприятий правового просвещения.

К числу приоритетных направлений надзора относится обеспечение высокой боеготовности войск, а также сохранности и правильного использования военного имущества и выделяемых бюджетных средств (в том числе на строительство объектов военной инфраструктуры Новороссийской военно-морской базы).

Военная прокуратура Новороссийского гарнизона по возрастному составу прокурорских работников является одной из самых молодых в Южном военном округе. Однако это не сказывается на качестве и объеме выполняемой работы. Наоборот, умение и желание самосовершенствоваться, энергичность открывают перед её офицерами новые профессиональные горизонты.