А начиналась новейшая история НВМБ в далеком сентябре 1994 года, когда Правительство Российской Федерации издало постановление № 1011-47 «О формировании Новороссийского военно-морского района (НВМР) и создании системы базирования сил Военно-Морского Флота на территории Краснодарского края».  Первым командиром НВМБ был контр-адмирал Евгений Орлов.

 Это теперь он — Почетный гражданин Новороссийска, неизменно избирается в состав Общественной палаты города. А тогда на его плечи легла тяжелая ноша — создать с нуля целое флотское объединение. Базированию военных кораблей очень противился портовый бизнес, считая, что это снизит коммерческую привлекательность торговой гавани, да и руководство города тогда скептически отнеслось к идее возродить в Цемесской бухте военно-морскую базу. Евгений Васильевич успешно справился с поставленной задачей, отстаивая государственные интересы. И в 1997 году район директивой Генштаба был преобразован-таки в военно-морскую базу.  

Из командования базы вышли и другие люди, оставившие заметный след в городской истории. Начальник штаба НВМБ Александр Безмельцев дважды избирался депутатом городской Думы и был ее председателем в IV созыве.  Начальник штаба, а затем командир НВМБ Сергей Меняйло стал государственным деятелем — первый губернатор Севастополя после присоединения Крыма к России в 2014 году, затем — полпред Президента в Сибирском федеральном округе, ныне — глава Республики Северная Осетия. Много офицеров, уйдя в запас, работали в органах местной власти, в районных советах ветеранов.

Активное строительство инфраструктуры началось в 2000-е, страна под эту отдельную программу  выделила  более 90 миллиардов рублей. Чтобы проверить ход работ, базу посещал Президент Путин, вице-премьер и министр обороны Сергей Иванов, нынешний глава МО Сергей Шойгу и главкомы ВМФ. В это же время военные начали в Новороссийске активное жилищное строительство.

Появление базы дало импульс военно-морскому сотрудничеству в регионе, в Цемесскую бухту с визитами дружественными и официальными заходили также корабли всех стран, имеющих серьезные военно-морские силы и традиции. Принимали даже отряд кораблей ВМС Южной Кореи.  Через НВМБ снабжается российская военная группировка в Сирии.

Сегодня НВМБ имеет в своем составе современные надводные корабли и подводные лодки,  и их состав регулярно пополняется  новыми образцами, береговые войска, артиллерию, подразделения морской пехоты. Все это  значительно расширяет возможности Черноморского флота России, повышает его боевую устойчивость.

8 сентября НВМБ отметит 27-ю годовщину своей новой истории.